r - 从物种列表制作简单的系统发育树状图(树)

In lại 作者：行者123 更新时间：2023-12-04 09:36:27 34 4

我想为海洋生物学类(class)制作一个简单的系统发育树作为教育示例。我有一个具有分类等级的物种列表:

    Group <- c("Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankton",
"Zooplankton","Zooplankton","Fish","Fish","Fish","Fish","Fish","Fish","Phytoplankton","Phytoplankton","Phytoplankton","Phytoplankton")
Domain <- rep("Eukaryota", length(Group))
Kingdom <- c(rep("Animalia", 18), rep("Chromalveolata", 4))
Phylum <- c("Annelida","Annelida","Arthropoda","Arthropoda","Porifera","Sipunculida","Arthropoda","Arthropoda","Arthropoda",
"Arthropoda","Echinoidermata","Chorfata","Chordata","Chordata","Chordata","Chordata","Chordata","Chordata","Heterokontophyta",
"Heterokontophyta","Heterokontophyta","Dinoflagellata")
Class <- c("Polychaeta","Polychaeta","Malacostraca","Malacostraca","Demospongiae","NA","Malacostraca","Malacostraca",
"Malacostraca","Maxillopoda","Ophiuroidea","Actinopterygii","Chondrichthyes","Chondrichthyes","Chondrichthyes","Actinopterygii",
"Actinopterygii","Actinopterygii","Bacillariophyceae","Bacillariophyceae","Prymnesiophyceae","NA")
Order <- c("NA","NA","Amphipoda","Cumacea","NA","NA","Amphipoda","Decapoda","Euphausiacea","Calanioda","NA","Gadiformes",
"NA","NA","NA","NA","Gadiformes","Gadiformes","NA","NA","NA","NA")                     
Species <- c("Nephtys sp.","Nereis sp.","Gammarus sp.","Diastylis sp.","Axinella sp.","Ph. Sipunculida","Themisto abyssorum","Decapod larvae (Zoea)",
"Thysanoessa sp.","Centropages typicus","Ophiuroidea larvae","Gadus morhua eggs / larvae","Etmopterus spinax","Amblyraja radiata",
"Chimaera monstrosa","Clupea harengus","Melanogrammus aeglefinus","Gadus morhua","Thalassiosira sp.","Cylindrotheca closterium",
"Phaeocystis pouchetii","Ph. Dinoflagellata")   
dat <- data.frame(Group, Domain, Kingdom, Phylum, Class, Order, Species)
dat

我想得到一个树状图(聚类分析)并使用 Domain 作为第一个切割点，Kindom 作为第二个，Phylum 作为第三个等等。缺失值应该被忽略(没有切割点，而是一条直线)。组应用作标签的着色类别。

我有点不确定如何从这个数据帧制作距离矩阵。 R 有很多系统发育树包，他们似乎想要新的数据/DNA/其他高级信息。因此，将不胜感激。

1 Câu trả lời

回答我自己的问题可能有点蹩脚，但我找到了一个更简单的解决方案。也许有一天它会帮助某人。

library(ape)
taxa <- as.phylo(~Kingdom/Phylum/Class/Order/Species, data = dat)

col.grp <- merge(data.frame(Species = taxa$tip.label), dat[c("Species", "Group")], by = "Species", sort = F)

cols <- ifelse(col.grp$Group == "Benthos", "burlywood4", ifelse(col.grp$Group == "Zooplankton", "blueviolet", ifelse(col.grp$Group == "Fish", "dodgerblue", ifelse(col.grp$Group == "Phytoplankton", "darkolivegreen2", ""))))

plot(taxa, type = "cladogram", tip.col = cols)

请注意，所有列都必须是因子。这演示了 R 的工作流程。虽然代码本身只是几行，但需要一周时间才能找到一些东西 =)

关于r - 从物种列表制作简单的系统发育树状图(树)，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/9904361/

34 4 0

• Mã Python này có chức năng gì? danh sách = danh sách [danh sách != giá trị]

  Như tiêu đề gợi ý, ans_list là danh sách các câu trả lời và ans_index là một con số (chỉ mục của câu trả lời trong từ vựng, nhưng hiện tại điều đó không liên quan). Tree.anslist được tạo ra ở đây là gì? (ví dụ chỉ dành cho lần đầu tiên), bỏ qua các lần lặp lại. nếu

• Danh sách MySQL IN danh sách

  Hiện tại tôi lưu trữ dữ liệu đầu vào của người dùng trong danh sách phân tách bằng dấu phẩy như thế này: Userid | Tùy chọn 1 | 1,2,5 Người dùng đánh dấu một tập hợp các tùy chọn dưới dạng mảng rồi nối chúng bằng dấu phẩy 1,2,5 rồi đến MySQ

• Danh sách MySQL IN danh sách

  Hiện tại tôi lưu trữ dữ liệu đầu vào của người dùng trong danh sách phân tách bằng dấu phẩy như thế này: Userid | Tùy chọn 1 | 1,2,5 Người dùng đánh dấu một tập hợp các tùy chọn dưới dạng mảng rồi nối chúng bằng dấu phẩy 1,2,5 rồi đến MySQ

• Làm thế nào tôi có thể làm phẳng hoàn toàn một danh sách (danh sách (danh sách) ...)

  Tôi muốn biết cách làm phẳng hoàn toàn các danh sách và những thứ chứa trong đó. Trong số những giải pháp khác, tôi đã nghĩ ra một giải pháp là có thể trượt một vật có nhiều thành phần và đặt chúng lại, hoặc lấy đi một vật có một thành phần sau khi trượt. Điều này tương tự như Làm thế nào để tôi “làm phẳng

• Làm thế nào tôi có thể làm phẳng hoàn toàn một danh sách (danh sách (danh sách) ...)

  Tôi muốn biết cách làm phẳng hoàn toàn các danh sách và những thứ chứa trong đó. Trong số những giải pháp khác, tôi đã nghĩ ra một giải pháp có thể trượt một vật có nhiều thành phần và đặt chúng lại, hoặc lấy đi một vật có một thành phần sau khi trượt ra. Điều này tương tự như Làm thế nào để tôi “làm phẳng

• java - Danh sách<><字符串>> đến chuỗi[][]

  Câu hỏi này đã có câu trả lời: Chuyển đổi danh sách lồng nhau thành mảng 2 chiều (3 câu trả lời) Đã đóng 7 năm trước. Có phím tắt nào để chuyển đổi List thành String[][] trong Java không?

• java - Danh sách<><对象>> Sắp xếp

  Tôi gặp vấn đề khi sắp xếp một Danh sách>. Tôi đã tạo một trình so sánh tùy chỉnh trong đó tôi viết mã để sắp xếp dữ liệu. lớp công khai CustomComparator triển khai Comparator

• Chuyển đổi List sang Array List - Stack Overflow

  Câu hỏi này đã có câu trả lời: Đã đóng cách đây 10 năm. Có thể trùng lặp: Java Generics: Không thể chuyển đổi List thành List? Tôi chỉ muốn biết tại sao mã java sau đây

• c# - Danh sách<逗号分隔的字符串> => Danh sách<字符串>?

  Đã cố gắng tìm ra cách LINQy để thực hiện việc này nhưng không tìm ra được cách nào. Tôi có một đối tượng List<> chứa một thuộc tính là danh sách các mã chữ cái được phân tách bằng dấu phẩy: lst[0].codes = "AA,BB,DD" lst[1

• python list += tuple so với list = list + tuple

  Giả sử tôi có các phép gán sau: points = [] point = (1, 2) Tôi sẽ làm thế nào: points += point Nó hoạt động tốt và cho tôi points = [1, 2]. Nhưng nếu tôi làm thế này: điểm

• Chuyển đổi List[Task[List[A]]] thành Task[List[A]]

  Cách chuyển đổi kiểu List[Task[List[Header]]] thành Task[List[Header]] trong scala. Tôi có một phương thức trả về Task[List[Header]] và gọi do nhiều lần

• Làm thế nào để lấy các phần tử của danh sách hai chiều trong Java? Ví dụ, danh sách <><整数>>

  Làm thế nào để tìm các phần tử của danh sách 2D trong Java? Tôi có một hàm lấy List làm tham số và tôi muốn biết cách tìm các hàng và cột của danh sách này. Câu trả lời hay nhất Nếu bạn thích List obj thì bạn có thể truy cập nó như thế này obj.get(cur

• Danh sách<> không hoạt động như mong đợi

  Gán List này cho List kia hoạt động tốt. Việc gán List> cho List> không biên dịch được. Mã lớp công khai Main { public static void main(String[] a

• Java - Danh sách<可序列化> so với Danh sách

  Tôi đang viết một phương thức trong Java phải nhận và lặp lại một Danh sách Serializable. Sự khác biệt giữa: public void myMethod(List list) { } và public là gì?

• Thông báo về những thay đổi đối với lưới/danh sách/cây bên trong lưới/danh sách/cây

  Tôi thấy nhiều người muốn cập nhật một phần lưới/danh sách/cây bằng mvvm, nhưng họ không muốn làm mới toàn bộ danh sách. Đối với bất kỳ ai gặp phải vấn đề này, tôi đã đưa ra ví dụ sau. Hy vọng thông tin này hữu ích với bạn. Câu trả lời hay nhất Đây là một ví dụ đơn giản. Điều quan trọng nhất trong toàn bộ mã là:

• Danh sách C++ đến danh sách Python

  Tôi đang viết một trình bao bọc cho một thư viện C++ hiện có sử dụng danh sách, trong đó T là một cấu trúc tùy chỉnh. Tôi được gợi ý sử dụng vector thay vì danh sách, nhưng tôi đang cố gắng tránh việc sửa đổi thư viện. Để hiểu rõ hơn về tình huống này, tôi đã tạo một ứng dụng đơn giản sử dụng danh sách

• Danh sách so với danh sách<基础>

  Có sự khác biệt nào giữa hai khai báo này không? Cảm ơn, câu trả lời tốt nhất là có. Danh sách có thể chứa hỗn hợp các thứ khác nhau đều bắt nguồn từ Base. Danh sách chứa các mục đồng nhất (theo nghĩa là tất cả chúng phải

• Java Generics: Danh sách<对象>, Danh sách

  Có ai có thể giải thích sự khác biệt giữa các loại sau đây một cách chi tiết nhất có thể không? Danh sách Danh sách Danh sách Để tôi nói cụ thể hơn nhé. Khi nào tôi muốn sử dụng // 1 public void CanYouGiveMeAnAnswer(List l

• Có mô-đun Python nào để đếm tần suất của các tuple (danh sách, danh sách) không?

  Tôi có một danh sách các cặp, mỗi cặp là một cặp danh sách. Vì vậy, dữ liệu của tôi trông như thế này: mylist = [(['foo', 'bar'], ['bar', 'bar']),(['bar', 'bar'],['bar', '

• danh sách - cho một danh sách (a * b), trả về một danh sách (a * b)

  Có thể là một tiêu đề kỳ quặc, nhưng tôi gặp vấn đề sau: với một danh sách kiểu (a * b) list, tôi muốn tạo một danh sách mới kiểu (a * b list) list. Một ví dụ: Cho một danh sách hãy testL