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python - 使用 python 从 PubMed 获取数据

In lại 作者:太空狗 更新时间:2023-10-29 19:31:30 46 4
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我有一个 PubMed 条目列表以及 PubMed ID。我想创建一个 python 脚本或使用接受 PubMed id 号作为输入的 python,然后从 PubMed 网站获取摘要。

到目前为止,我已经接触过 NCBI Eutilities 和 Python 中的 importurl 库,但我不知道应该如何编写模板。

任何指针将不胜感激。

Cảm ơn,

câu trả lời hay nhất

sử dụng Biopython的模块称为 Entrez ,您可以很容易地获得摘要以及所有其他元数据。这将打印摘要:

from Bio.Entrez import efetch

def print_abstract(pmid):
handle = efetch(db='pubmed', id=pmid, retmode='text', rettype='abstract')
print handle.read()

这里是一个函数,它将获取 XML 并只返回摘要:

from Bio.Entrez import efetch, read

def fetch_abstract(pmid):
handle = efetch(db='pubmed', id=pmid, retmode='xml')
xml_data = read(handle)[0]
thử:
article = xml_data['MedlineCitation']['Article']
abstract = article['Abstract']['AbstractText'][0]
return abstract
except IndexError:
return None

附言我实际上需要在实际任务中做这类事情,所以我将代码组织到一个类中 -- see this gist .

关于python - 使用 python 从 PubMed 获取数据,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/17409107/

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